新生儿消化不良一般无须用药，可通过调整喂养方式缓解，必要时可遵医嘱使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散、酪酸梭菌活菌散等益生菌制剂。新生儿消化系统发育不完善，药物使用需严格遵循儿科医师指导，避免自行用药。
1、枯草杆菌二联活菌颗粒
该药含枯草杆菌和肠球菌，适用于肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀。新生儿使用时需将颗粒溶于温水或奶液中，不可与抗生素同服。用药期间可能出现短暂排气增多，若出现皮疹需停药。
2、双歧杆菌三联活菌散
含长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，可改善乳糖不耐受相关消化不良。需用40℃以下液体冲服，避免高温破坏活性。早产儿或低体重儿使用前需评估肠道功能状态。
3、酪酸梭菌活菌散
通过分泌酪酸促进肠黏膜修复，对喂养不当引起的消化不良有效。需注意该制剂含乳糖成分，先天性乳糖酶缺乏患儿慎用。服用后可能出现大便性状暂时性改变。
4、布拉氏酵母菌散
适用于抗生素相关性腹泻继发的消化不良，能抑制致病菌定植。新生儿需分次少量给药，混合于母乳或配方奶中服用。免疫缺陷患儿禁用，使用中需监测排便频率。
5、婴儿健脾散
中成药含白术、山药等成分，用于脾胃虚弱型消化不良。需排除器质性疾病后使用，服用期间忌生冷食物。新生儿用量需精确折算，建议在中医儿科医师指导下使用。
母乳喂养的新生儿出现消化不良时，母亲应减少摄入高脂、高糖及易产气食物。人工喂养者需检查奶粉冲调比例，可尝试少量多次喂养。每日可顺时针按摩婴儿腹部5-10分钟促进肠蠕动，注意保持脐部干燥。若持续出现呕吐、血便、体重不增等情况，需立即就医排除肠梗阻、乳蛋白过敏等疾病。新生儿用药必须严格遵循剂量要求，所有益生菌制剂开封后需冷藏并在规定期限内使用完毕。
