安宫牛黄丸可能引起过敏反应、胃肠不适、肝肾功能异常、神经系统症状及孕妇流产风险等副作用。该药主要适用于热病邪入心包所致的高热惊厥，非对症使用或长期服用易引发不良反应。
部分人群服用安宫牛黄丸后可能出现皮肤瘙痒、红斑、荨麻疹等过敏表现，严重者甚至发生呼吸困难或过敏性休克。这与药物中含有的天然牛黄、麝香等成分有关，特异体质者更易诱发免疫系统的过度反应。一旦出现皮疹或呼吸急促，应立即停药并寻求医疗帮助，切勿自行再次尝试服用。
由于安宫牛黄丸性味寒凉且含有朱砂、雄黄等矿物药，空腹或脾胃虚寒者服用后常出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道刺激症状。长期或过量服用会损伤脾胃阳气，导致消化功能紊乱。建议饭后服用以减轻对胃黏膜的直接刺激，若腹泻严重需及时补液防止脱水。
药物中的朱砂含硫化汞，雄黄含二硫化二砷，虽在法定剂量内相对安全，但长期蓄积可能加重肝脏代谢和肾脏排泄负担，导致转氨酶升高或肾功能指标异常。肝肾功能不全者应慎用或禁用，以免毒素堆积引发中毒。用药期间需定期监测肝肾功能指标，发现异常立即停药。
个别患者在大剂量或长期服用后，可能因重金属成分蓄积而出现头晕、头痛、失眠、记忆力减退等神经系统症状，极少数情况下可致肢体震颤。这与药物中微量重金属透过血脑屏障有关。出现此类症状提示体内药物浓度可能超标，必须停止用药并进行排毒治疗。
安宫牛黄丸中含有麝香等具有强烈活血通经作用的成分，孕妇服用后可能兴奋子宫平滑肌，诱发宫缩，从而导致先兆流产或早产。此外，药物中的毒性成分也可能通过胎盘影响胎儿发育。孕妇及备孕女性严禁私自服用此药，必须在医生严格评估利弊后指导使用。
日常应避免将安宫牛黄丸作为保健品长期服用，仅在出现高热神昏等急重症时遵医嘱短期使用。服药期间饮食宜清淡，避免食用辛辣油腻及生冷食物，以免加重胃肠负担或影响药效。若正在服用其他药物，需告知医生以防发生相互作用。家属应妥善保管药品，防止儿童误服，一旦误服需立即催吐并送医急救。
