病毒感染和细菌感染可通过病原体类型、症状特点、实验室检查三方面区分。病毒感染多由鼻病毒、流感病毒等引起，细菌感染常见病原体包括链球菌、葡萄球菌等。
病毒感染通常表现为突发高热、全身肌肉酸痛、咽痛等全身症状明显，但局部红肿热痛较轻。病程具有自限性，一般3-7天自行缓解。血常规检查显示白细胞计数正常或降低，淋巴细胞比例升高，C反应蛋白CRP轻度增高。
细菌感染常见局部炎症反应突出，如化脓性扁桃体炎可见脓性分泌物，肺炎听诊有湿啰音。发热多为弛张热，伴随寒战。实验室检查可见白细胞总数及中性粒细胞明显升高，CRP显著增高，降钙素原PCT水平超过0.5ng/ml。
特殊检查中，病毒抗原检测、核酸PCR检测能明确病毒类型。细菌感染需通过痰培养、血培养等病原学检查确诊。尿路感染可通过尿常规中白细胞酯酶阳性判断细菌性感染。
儿童患者需注意鉴别：病毒感染常见皮疹、结膜充血等伴随症状；细菌感染易引发中耳炎、鼻窦炎等并发症。老年人细菌感染可能表现为意识改变等非典型症状。
治疗原则差异明显：病毒感染以对症治疗为主，可选用奥司他韦等抗病毒药物。细菌感染需根据药敏试验选用阿莫西林、头孢呋辛等抗生素。滥用抗生素治疗病毒感染会导致耐药性产生。
