小儿肛瘘的最佳手术时机通常在感染控制后且无急性炎症时进行。手术时机的选择需综合考虑瘘管形成时间、感染程度、患儿年龄等因素。
小儿肛瘘手术不宜在急性感染期实施，此时局部红肿热痛明显，强行手术可能加重炎症扩散。多数情况下需先通过抗生素治疗控制感染，待局部硬结软化、分泌物减少后再行手术。对于单纯性低位肛瘘，若患儿一般状况良好，可在确诊后尽早安排手术，以减少反复感染对肛门括约肌的损伤。
少数复杂性高位肛瘘或合并克罗恩病等基础疾病时，需先治疗原发病。部分婴幼儿肛瘘存在自愈可能，对于未满周岁的浅表瘘管，可暂缓手术并观察数月。但若出现反复脓肿、排便困难或生长迟缓，则需及时手术干预。术前应完善肛周MRI或超声检查明确瘘管走行。
术后需保持肛门清洁干燥，使用温水坐浴促进创面愈合。饮食上增加膳食纤维摄入，避免便秘加重伤口疼痛。定期复查肛门功能，观察有无复发迹象。家长应注意患儿排便习惯变化，发现异常及时就医。日常护理中避免使用刺激性清洁产品，选择纯棉透气尿布减少局部摩擦。
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