紧急避孕药对胎儿的影响主要取决于服药时间与胚胎发育阶段，多数情况下在确认怀孕后服用可能增加流产风险，但若在受精前或着床前服用，通常不会导致胎儿畸形。紧急避孕药主要通过高剂量激素干扰排卵或受精过程，其影响可分为未形成胚胎时的影响和已形成胚胎后的影响。
在受精卵尚未着床前服用紧急避孕药，药物主要作用是抑制或延迟排卵、改变宫颈黏液性状阻止精子通过，此时若避孕失败导致怀孕，药物对胚胎的直接影响较小，目前研究未发现与胎儿结构畸形存在明确关联。例如左炔诺孕酮类紧急避孕药，在受精后5天内服用，其作用机制是干扰子宫内膜容受性，但若胚胎成功着床，药物浓度已显著降低，对后续发育影响有限。而醋酸乌利司他类紧急避孕药通过阻断孕激素受体起效，在卵泡破裂前服用效果更佳，若服药后仍怀孕，现有数据未显示胎儿异常率显著升高。
若在受精卵已经着床、胚胎开始发育后误服紧急避孕药，高剂量激素可能干扰胚胎正常分化，增加早期流产概率。例如在停经4周内服药，药物可能影响子宫内膜稳定性，导致胚胎着床失败或自然流产。在停经5周后服药，孕激素受体拮抗作用可能干扰胎儿生殖系统发育，但具体致畸风险因药物种类和剂量而异。左炔诺孕酮在妊娠期使用属于X级药物，动物实验显示大剂量可能导致雌性胎儿生殖器官发育异常，但人类临床数据有限。醋酸乌利司他在妊娠期禁用，因其可能直接作用于孕激素受体，理论上存在干扰胚胎器官形成的风险。米非司酮作为终止妊娠药物，若在早孕期误服，可导致绒毛组织变性、胚胎停止发育，引发难免流产。
建议女性在服用紧急避孕药后若发现怀孕，应尽快就医进行超声检查明确孕周，并咨询产科医生评估风险。日常应避免将紧急避孕药作为常规避孕方式，因其激素剂量高，反复使用可能扰乱月经周期。若需长期避孕，可考虑短效口服避孕药、宫内节育器或避孕套等更可靠方法。服药后出现腹痛、异常阴道出血等症状时，需警惕宫外孕可能，及时排查。备孕期间应严格避免服用任何紧急避孕药，并在医生指导下补充叶酸，降低神经管缺陷风险。
