使用苦参碱栓需注意过敏反应、用药部位清洁、禁忌人群、药物相互作用及特殊生理期处理等事项。
首次使用苦参碱栓前需进行过敏测试，将少量药物涂抹于前臂内侧皮肤，观察24小时。若出现皮肤红肿、瘙痒或灼热感，应禁用该药。过敏体质患者应谨慎使用，既往对中药栓剂过敏者禁用。用药后若出现会阴水肿、皮疹或呼吸困难等全身过敏症状，需立即停药并就医。
给药前需用温水清洁会阴部及肛周，避免使用碱性洗剂。使用指套或无菌手套置入栓剂，防止细菌感染。用药期间每日更换纯棉内裤，避免穿紧身裤。月经期间应暂停用药，防止经血逆流增加感染风险。用药后若出现分泌物异常增多或异味，可能提示继发感染。
孕妇及哺乳期妇女禁用苦参碱栓，其生物碱成分可能通过胎盘或乳汁影响胎儿发育。严重肝肾功能不全者禁用，可能影响药物代谢导致蓄积中毒。急性宫颈炎、溃疡性结肠炎等粘膜破损患者禁用，防止药物刺激加重病情。儿童及无自主行为能力的患者须在医生指导下使用。
苦参碱栓不宜与阴道酸性制剂联用，可能改变药物溶解速率。正在使用抗凝药物如华法林钠片者需谨慎，苦参碱可能增强抗凝效应导致出血。避免与含金属离子的妇科洗剂同用，可能产生络合反应降低药效。使用抗生素如阿莫西林胶囊期间，需间隔2小时以上用药。
性生活后至少1小时再给药，防止药物被精液或润滑剂稀释。栓剂融化后可能有药液渗出，建议使用护垫避免污染衣物。用药期间出现剧烈腹痛或阴道出血需立即停药。治疗期间应避免游泳、盆浴等可能引起交叉感染的活动。
使用苦参碱栓期间应保持清淡饮食，避免辛辣刺激食物加重局部充血。建议穿着透气棉质内衣，减少会阴部摩擦。用药期间每日保证2000毫升饮水量，促进代谢产物排泄。治疗结束后需复查确认疗效，不建议自行延长疗程。注意观察用药后分泌物性状变化，异常时及时就医，避免同时使用其他阴道制剂防止药效干扰。
