长期点眼药水可能对眼睛有损害，具体风险取决于药物成分、使用频率及个体眼部状况。
防腐剂毒性积累是常见诱因，苯扎氯铵等成分长期接触可破坏角膜上皮屏障，导致干眼症加重或角膜炎，表现为眼红、异物感，需停用含防腐剂制剂并改用不含防腐剂的人工泪液如玻璃酸钠滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液进行修复。激素依赖性问题多见于自行长期使用糖皮质激素类眼药水，可能诱发青光眼或白内障，伴随视力下降、眼压升高症状，须在医生指导下逐步减量并换用非甾体抗炎药如普拉洛芬滴眼液、双氯芬酸钠滴眼液、溴芬酸钠滴眼液控制炎症。抗生素滥用易导致菌群失调，长期无指征使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏等可能引发耐药性感染或真菌性角膜炎，出现分泌物增多、疼痛加剧，应立即停药并进行病原学检查后针对性用药。血管收缩剂反弹效应常发生于萘甲唑啉滴眼液、羟甲唑啉滴眼液等去红血丝产品，频繁使用会导致结膜血管代偿性扩张，使充血症状反而加重，形成药物依赖性结膜炎，治疗需彻底停用此类药物并辅以冷敷缓解。泪液动力学紊乱源于过度频繁点滴任何类型眼药水，会冲刷掉自身分泌的天然泪膜脂质层，加速泪液蒸发，引起蒸发过强型干眼，表现为视物模糊、烧灼感，应减少点滴频次至每日四次以内，并配合睑板腺按摩与热敷改善脂质分泌。
日常应避免在无医生指导情况下自行购买和使用眼药水，尤其是含有激素、抗生素或血管收缩剂的产品，使用时注意瓶口勿接触眼睑以防污染，开封后通常须在一个月内用完，若出现眼部不适加重或视力变化须立即就医，同时保持充足睡眠，减少电子屏幕使用时间，多食用富含维生素A和叶黄素的食物如胡萝卜、菠菜以辅助眼部健康。
