支原体感染通常需要使用抗生素治疗，但青霉素类、头孢类等常规“消炎药”无效，需选用大环内酯类、四环素类或喹诺酮类等特定药物。
支原体是一种缺乏细胞壁的特殊微生物，因此作用于细胞壁合成的青霉素类和头孢菌素类药物对其无效。治疗支原体感染必须选择能够抑制其蛋白质合成的抗生素，临床上常用的是大环内酯类药物如阿奇霉素片、红霉素肠溶胶囊，或者四环素类药物如多西环素片，以及喹诺酮类药物如左氧氟沙星片。患者切勿自行购买普通消炎药服用，以免延误病情导致症状加重。
近年来支原体对大环内酯类药物的耐药率有所上升，部分患者在使用阿奇霉素片或克拉霉素片后症状改善不明显。这可能与病原体基因突变有关，此时医生可能会根据患者年龄和身体状况调整为多西环素片或莫西沙星片等二线药物。盲目增加药量或频繁更换药物不仅不能杀灭病原体，反而可能导致肠道菌群失调或引发更严重的耐药性问题，必须在专业指导下调整方案。
支原体感染的病程相对较长，咳嗽等症状可能持续数周，因此药物治疗需要足量足疗程。即使发热和剧烈咳嗽在用药几天后消失，也不代表病原体已被完全清除，擅自停药容易导致疾病复发或转为慢性感染。一般建议遵循医嘱完成整个疗程，确保体内的支原体被彻底清除，减少并发症发生的概率，同时避免将具有传染性的病原体传播给他人。
儿童支原体感染的治疗需特别注意药物安全性，八岁以下儿童通常禁用四环素类药物以免影响牙齿发育，十八岁以下青少年慎用喹诺酮类药物以防影响软骨生长。儿科医生首选阿奇霉素干混悬剂或罗红霉素颗粒等大环内酯类药物进行干预。家长需密切观察患儿服药后的反应，若出现皮疹、呕吐等不良反应应及时复诊，由医生评估是否需要更换其他类型的敏感抗生素。
除了针对性的抗生素治疗外，辅助护理措施对于缓解症状同样重要。患者可能出现顽固性干咳，可遵医嘱使用右美沙芬糖浆等镇咳药物缓解不适，若有痰液粘稠可使用氨溴索口服液促进排出。日常应保持室内空气流通，避免烟雾刺激呼吸道，适量饮用温水有助于稀释痰液。充分的休息能帮助免疫系统更好地对抗感染，加速身体康复进程。
支原体感染患者在治疗期间应注意清淡饮食，避免食用辛辣刺激性食物以免加重咽喉不适，同时保证充足的睡眠以增强机体免疫力。居室环境要保持适宜的温湿度，定期开窗通风换气，减少病原体在室内的浓度。若家庭成员中出现类似咳嗽症状，应注意隔离防护，避免交叉感染。治疗结束后若仍有轻微咳嗽属正常现象，但若症状持续不缓解或再次发热，务必及时前往医院复查，确认是否治愈或存在其他并发症，切勿自行长期服药。
