月经不调时一般不建议自行服用紧急避孕药。紧急避孕药主要用于无保护性行为后的紧急补救，并非治疗月经不调的常规药物，不当使用可能加重内分泌紊乱。
月经不调本身是内分泌系统功能紊乱的一种表现，可能由精神压力、过度节食、作息不规律或卵巢功能异常、多囊卵巢综合征等疾病引起。此时女性体内的激素水平本就处于不稳定状态。紧急避孕药的主要成分是大剂量的孕激素或抗孕激素，其作用原理是通过短期内急剧改变体内的激素水平来抑制或延迟排卵、干扰受精卵着床。在月经不调的情况下使用，这种外源性的强效激素冲击可能进一步干扰下丘脑-垂体-卵巢轴这一精细的内分泌调节系统，导致月经周期更加混乱，可能出现经期延长、经量异常改变或后续几个月的月经持续不规律。它无法解决导致月经不调的根本原因，只是增加了额外的激素负担。
存在一种极少数的特殊情况，即女性在已经存在月经不调的情况下，发生了无保护性行为，事后有明确的紧急避孕需求。此时，使用紧急避孕药预防非意愿妊娠的获益大于其对月经周期的潜在影响。但这属于非常规的补救措施，绝不能作为处理月经不调的方法。用药后必须密切观察后续的月经情况，如果出现严重腹痛、大量阴道出血或月经逾期超过一周，须及时就医检查，以排除妊娠或其它妇科疾病。
出现月经不调，正确的做法是记录好月经周期、经期天数、经量等信息，及时前往妇科或内分泌科就诊。医生会通过问诊、妇科检查、性激素六项检测、盆腔超声等手段明确病因，并根据具体原因进行针对性治疗，如调整生活方式、使用短效口服避孕药建立人工周期、或治疗原发疾病。将紧急避孕药当作调经药使用是错误且有害的，任何用药决策都应在医生全面评估后做出。
