使用碘酊时需注意避免接触眼睛和黏膜、过敏体质者慎用、不可与红药水同用、伤口面积过大时禁用、需避光密封保存。
碘酊具有刺激性，直接接触眼睛或口腔、鼻腔等部位可能引发灼伤。若不慎入眼应立即用大量清水冲洗，皮肤敏感者使用后可能出现红斑或瘙痒，此时应停用并用酒精擦拭残留药液。儿童使用时需由成人监督，避免误食或误触。
对碘过敏者可能出现皮疹、呼吸困难等过敏反应，初次使用前可先在手腕内侧小面积测试。甲状腺疾病患者长期大面积使用可能影响甲状腺功能，妊娠期妇女应咨询医生意见。使用后出现皮肤肿胀或灼热感应立即停药就医。
碘酊与红药水混合会产生碘化汞毒性物质，两者需间隔24小时以上使用。与硫柳汞等含汞制剂同用会降低消毒效果，与碱性物质接触会中和有效成分。外科手术消毒时需待碘酊完全干燥后再覆盖敷料，避免与橡胶制品长时间接触。
碘酊适用于小面积浅表伤口消毒，深度创伤、烧伤或溃疡面使用可能延缓愈合。婴幼儿脐部护理建议改用碘伏，糖尿病患者足部伤口慎用。大面积皮肤破损使用可能导致碘吸收中毒，表现为恶心、金属味等全身症状。
碘酊需存放于避光密闭容器中，光照或高温会导致有效碘挥发失效。开瓶后有效期一般为3个月，久置后颜色变浅提示药效降低。棉签蘸取时避免瓶口污染，家庭存放需置于儿童无法触及处，远离易燃物品。
日常使用碘酊消毒后可用75%酒精脱碘减少皮肤刺激，破损皮肤消毒建议优先选择刺激性更小的碘伏溶液。定期检查家庭药箱中碘酊的有效期和性状变化，过期药品应及时处理。进行伤口护理前需清洁双手，消毒时应从伤口中心向外周螺旋涂擦，重复涂抹会降低杀菌效果。特殊人群使用前应详细阅读说明书或咨询医疗专业人员，出现异常反应需及时停用并就医评估。
