紧急避孕药有危害，但通常是一次性使用且危害可控，主要表现为对月经周期的干扰和胃肠道反应。紧急避孕药主要通过高剂量激素干扰排卵或受精过程来达到避孕效果，其危害通常与用药频率和个人体质有关。
在大多数情况下，偶尔使用紧急避孕药是安全的，其常见危害包括服药后几天内可能出现恶心、呕吐、头痛、头晕、乳房胀痛等不适，这些症状通常会在24小时内自行缓解。对月经周期的影响是最主要的危害，可能导致下次月经提前或推迟，经量也可能发生改变。如果服药后3周内没有出现月经，需要警惕避孕失败的可能。极少数情况下，如果在一个月经周期内多次服用，或长期频繁依赖紧急避孕药，会显著增加月经紊乱的风险，甚至可能影响卵巢的正常排卵功能，导致内分泌失调。对于本身有偏头痛或血栓性疾病风险的女性，高剂量激素还可能诱发相关疾病。需要特别注意的是，如果服药后2小时内发生呕吐，药物可能未被完全吸收，避孕效果会降低，需要补服一次。紧急避孕药不能替代常规避孕措施，其避孕失败率明显高于短效口服避孕药或宫内节育器。
建议将紧急避孕药作为无保护性生活后的补救措施，而不是常规避孕手段。一年内使用次数不宜超过三次，一个月经周期内最多使用一次。如果出现严重的持续性腹痛、异常阴道出血或服药后月经推迟超过一周，应及时就医检查排除宫外孕等异常情况。日常应选择短效口服避孕药、避孕套或宫内节育器等更可靠且副作用更小的避孕方式。
