鹭鸶咯丸通常不建议与滋补类中药、镇咳类药物、含有麻黄碱的制剂、强心苷类药物以及酸性药物同时服用，以免发生药效冲突或增加不良反应风险。
鹭鸶咯丸主要用于宣肺化痰、止咳平喘，针对的是痰热壅肺引起的咳嗽气喘。若此时同时服用人参、黄芪、熟地黄等滋补类中药，可能会导致“闭门留寇”，使得体内的痰热之邪无法排出，反而加重咳嗽症状或延长病程。滋补药物多具有收敛固涩的作用，这与鹭鸶咯丸宣散肺气的治疗原则相悖，两者合用会直接降低鹭鸶咯丸的临床疗效，不利于呼吸道疾病的恢复。
鹭鸶咯丸本身含有较强的止咳平喘成分，如果与其他中枢性镇咳药如右美沙芬片或外周性镇咳药联合使用，可能会造成药效叠加，导致咳嗽反射被过度抑制。咳嗽是机体清除呼吸道分泌物的保护性反射，过度抑制会导致痰液滞留于气管和支气管内，不仅难以咳出，还可能继发细菌感染，引发肺炎或加重原有的肺部炎症，特别是对于痰多粘稠的患者，这种联用方式存在较大的安全隐患。
鹭鸶咯丸的组方中可能含有麻黄等具有兴奋交感神经作用的成分，若与含有盐酸麻黄碱、伪麻黄碱的西药制剂（如某些复方感冒药）同服，会使体内麻黄碱浓度过高。这极易引起中枢神经兴奋，导致患者出现失眠、焦虑、心悸、血压升高、手抖等不良反应。对于患有高血压、心脏病或甲状腺功能亢进的人群，这种药物相互作用的风险更高，可能诱发严重的心血管意外事件。
鹭鸶咯丸中的部分成分可能会影响心脏的电生理活动，若与地高辛、去乙酰毛花苷等强心苷类药物同时服用，可能会增加强心苷药物的毒性反应。这种相互作用可能导致心律失常，如室性早搏、房室传导阻滞等严重心脏问题。由于鹭鸶咯丸常用于治疗小儿百日咳等剧烈咳嗽疾病，剧烈咳嗽本身就会增加心脏负担，若再因药物相互作用导致心脏毒性增加，将对患儿的生命安全构成威胁。
鹭鸶咯丸中含有多种生物碱成分，这些成分在碱性环境中稳定性较好，若与维生素C片、阿司匹林肠溶片等酸性药物同服，会发生酸碱中和反应或形成难溶性复合物。这将导致鹭鸶咯丸中的有效成分在胃肠道内提前分解或沉淀，从而大幅减少药物的吸收量，使得血药浓度达不到治疗要求，最终导致治疗失败。此外，酸性环境还可能改变药物的代谢路径，增加肝脏和肾脏的代谢负担。
日常护理中，患者在服用鹭鸶咯丸期间应保持饮食清淡，避免食用辛辣、油腻及生冷食物，以免刺激呼吸道加重咳嗽。建议多饮用温开水以帮助稀释痰液，促进痰液排出，同时注意室内空气质量，保持适宜的温度和湿度，避免烟雾粉尘刺激。家长需密切观察患者服药后的反应，若出现皮疹、呼吸困难或心慌等不适症状，应立即停药并前往医院就诊，所有药物的联合使用都必须在专业医生的指导下进行，切勿自行搭配用药。
