新生儿巨细胞病毒感染多数可以治愈。巨细胞病毒感染的治疗效果与感染类型、患儿免疫状态及干预时机密切相关，主要干预手段包括抗病毒治疗、免疫调节及对症支持。
先天性感染患儿可能出现黄疸、肝脾肿大、小头畸形等表现，需在出生后72小时内启动更昔洛韦或缬更昔洛韦抗病毒治疗，疗程通常持续6周。获得性感染患儿若出现肺炎、肝炎等严重并发症，同样需接受抗病毒药物干预。无症状感染者通常无需特殊治疗，但需定期监测听力、视力及神经系统发育。
母乳喂养是母婴传播的主要途径，母亲乳汁中若检出病毒DNA且新生儿为早产或低出生体重儿，建议暂停母乳喂养或进行巴氏消毒。患儿家庭需做好餐具消毒与手卫生，避免交叉感染。
巨细胞病毒感染可能遗留感音神经性耳聋、智力障碍等后遗症，建议每3-6个月进行发育评估直至3周岁。孕期血清学筛查阳性孕妇应进行羊水穿刺确诊，确诊胎儿感染者需权衡继续妊娠风险。
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