流行性乙型脑炎主要通过蚊虫叮咬传播。乙型脑炎病毒存在于受感染动物如猪、鸟类的血液中，蚊虫吸血后携带病毒，再叮咬人类时造成传播。传播途径主要有三方面：三带喙库蚊等蚊媒叮咬、动物宿主到人的间接传播、极少数母婴垂直传播。
蚊媒叮咬是最主要传播方式。三带喙库蚊是我国主要传播媒介，其孳生于稻田、池塘等静止水体，叮咬高峰在黄昏和黎明。病毒在蚊体内繁殖后通过唾液腺注入人体，潜伏期通常4-14天。夏季雨季蚊虫密度增高时，传播风险显著上升。
动物宿主是病毒扩增的关键环节。猪是重要扩增宿主，感染后出现高滴度病毒血症但不发病。鸟类尤其是候鸟可能参与病毒远距离传播。人类属于偶然宿主，病毒血症期短且滴度低，通常不会形成人-蚊-人传播链。
母婴传播虽罕见但需警惕。妊娠早期感染可能导致胎儿畸形，围产期感染可引发新生儿脑炎。哺乳期传播尚无确切证据。预防重点应放在防蚊灭蚊和疫苗接种，疫区孕妇需加强防护。
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