十六味马蔺子丸的禁忌主要有孕妇禁用、过敏体质者慎用、急性炎症期禁用、肝肾功不全者慎用、服药期间忌食辛辣油腻。本药成分含马蔺子、诃子等藏药材，需严格遵医嘱使用。
十六味马蔺子丸含多种活血化瘀成分，可能刺激子宫收缩。孕早期使用可能导致流产，孕晚期可能诱发早产。妊娠期女性出现泌尿系统或妇科炎症时，应选择其他安全性明确的药物，如头孢克肟颗粒或阿莫西林克拉维酸钾片。
对藏药成分过敏者可能出现皮疹、呼吸困难等反应。用药前需确认无马蔺子、诃子等成分过敏史。若出现皮肤瘙痒或面部肿胀应立即停药，必要时使用氯雷他定片或盐酸西替利嗪滴剂抗过敏。
急性尿路感染、盆腔炎等伴有发热症状时，该药可能掩盖病情进展。此时需优先使用抗生素治疗，如左氧氟沙星胶囊或诺氟沙星胶囊控制感染，待急性期过后再考虑联合藏药调理。
药物代谢产物需经肝肾排泄，肝肾功能受损者可能造成药物蓄积。慢性肝炎、肾炎患者使用前需评估肝酶和肌酐指标，必要时调整剂量或换用金匮肾气丸等温和中成药。
服药期间进食辣椒、肥肉等食物可能影响药效吸收，并加重消化道负担。建议搭配冬瓜、薏米等利湿食材，烹饪方式以清蒸水煮为主。治疗期间应保持饮食清淡，避免饮酒或浓茶。
使用十六味马蔺子丸需观测排尿情况与体温变化，连续用药不宜超过四周。若出现持续性腹痛或尿液颜色加深，应及时复查尿常规与腹部超声。日常可适当饮用蒲公英茶辅助利尿，但需与服药间隔两小时以上。保持会阴清洁干燥，选择纯棉透气内裤有助于预防尿路感染复发。
