土沉香具有行气止痛、温中止呕、纳气平喘等功效，主要用于治疗胸腹胀痛、胃寒呕吐、肾虚气喘等症状。
1、行气止痛
土沉香辛香温通，能祛除胸腹阴寒，具有良好的行气止痛作用。其挥发油成分可通过调节胃肠平滑肌张力缓解气滞型疼痛，适用于寒凝气滞引起的胸腹胀痛、脘腹冷痛。临床常与木香、乌药等配伍使用，代表方剂如沉香四磨汤。使用时需注意阴虚火旺者慎用，避免加重燥热症状。
2、温中止呕
土沉香性温质重，能温降胃气，对胃寒呕吐、呃逆有显著疗效。所含倍半萜类物质可抑制胃肠逆蠕动，改善寒邪犯胃导致的食入即吐症状。常与丁香、柿蒂同用，传统方剂如丁香柿蒂散。现代研究表明其止呕效果与调节5-HT3受体有关，但妊娠呕吐者应在医师指导下使用。
3、纳气平喘
土沉香沉降下行，能引上逆之气归于肾元，改善肾不纳气所致虚喘。其苯丙素类成分可通过抗炎作用减轻气道高反应性，适用于久病虚喘、呼多吸少者。多配伍肉桂、补骨脂等温肾药物，代表方如黑锡丹。需注意实热喘咳者忌用，且不宜长期连续使用。
4、镇静安神
土沉香芳香走窜之性可上达脑窍，具有安定神志的作用。其中沉香螺旋醇等成分能调节GABA受体功能，帮助改善焦虑失眠症状。传统用法常制成香佩或熏香使用，也可与酸枣仁、夜交藤配伍煎服。但中枢神经系统疾病患者使用前应咨询医师。
5、抗菌消炎
土沉香提取物对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有抑制作用，其活性成分沉香醇能抑制炎症因子释放。外用时可研末调敷患处辅助治疗疮疡肿毒，内服对慢性胃炎等炎症性疾病有一定缓解作用。但需注意其抗菌作用不能替代抗生素治疗感染性疾病。
使用土沉香时建议选择正规渠道的饮片，煎煮时应后下以保留挥发油成分。日常保健可少量用于香道养生，但阴虚体质、实热证及孕妇慎用。治疗疾病时需在中医师指导下配伍使用，避免与中枢抑制剂同用。保存时应密封防潮，置于阴凉干燥处以保持药效。
