上清丸具有清热解毒、散风止痛的功效，主要用于风热感冒、头痛眩晕、目赤耳鸣、咽喉肿痛等症状。上清丸的主要作用包括缓解风热上攻引起的头面部不适、改善炎症反应、调节免疫机能等。
上清丸中的黄芩、连翘等成分具有清热解毒作用，能抑制细菌和病毒繁殖，适用于风热感冒初期出现的发热、咽痛症状。对于急性扁桃体炎、口腔溃疡等由热毒引起的炎症，可帮助减轻红肿疼痛。服药期间需避免辛辣刺激食物，孕妇及脾胃虚寒者慎用。
所含川芎、白芷等药材能疏散风邪，缓解风热头痛、偏头痛及三叉神经痛。对感冒引起的太阳穴胀痛、鼻塞流涕有改善效果。与西药布洛芬相比，上清丸的止痛作用较温和，但起效时间相对较慢，严重头痛患者建议联合治疗。
菊花、决明子等成分可清肝明目，改善风热上攻导致的目赤肿痛、畏光流泪。对结膜炎早期症状有一定缓解作用，但细菌性结膜炎需配合抗生素滴眼液如左氧氟沙星滴眼液。长期用眼过度者服用时需注意休息，避免与寒凉药物同服。
桔梗、薄荷等能宣肺利咽，减轻咽喉炎、扁桃体炎引发的吞咽困难。对声带水肿导致的声嘶有辅助疗效，急性发作时可配合开喉剑喷雾剂使用。服药期间忌食油腻，糖尿病患者应注意本药含糖剂型。
部分研究显示上清丸可通过调节T细胞活性增强免疫力，对反复呼吸道感染有预防作用。但不宜长期连续服用超过两周，体质虚弱者可能出现腹泻等不良反应，建议在医师指导下周期性使用。
服用上清丸期间应保持饮食清淡，多饮水促进代谢，避免与滋补类中药同服。风热症状缓解后应及时停药，慢性病患者需监测血压血糖变化。出现皮疹、心悸等不良反应应立即就医，儿童用药需严格按体重调整剂量。存储时需密封避光，防止有效成分挥发失效。
