巧克力囊肿可能复发，复发风险与术后管理、激素水平、年龄等因素相关，可通过药物控制、定期复查、生活方式调整降低复发概率。
子宫内膜异位症病灶对雌激素敏感，术后体内激素波动可能刺激残留病灶生长。口服避孕药、GnRH-a类药物可抑制卵巢功能，减少雌激素分泌，常用药物包括炔雌醇环丙孕酮、亮丙瑞林、戈舍瑞林。
手术彻底性直接影响复发率，保守性手术可能遗留微小病灶。腹腔镜囊肿剔除术需配合电凝或激光处理盆腔内膜异位灶，可能与盆腔粘连、卵巢储备功能下降等因素有关，通常表现为慢性盆腔痛、性交痛等症状。
术后3-6个月为复发高峰期，需每3个月复查超声及CA125水平。地诺孕素等孕激素类药物可长期维持使用，抑制内膜细胞活性。
免疫功能异常患者更易复发，维生素D缺乏可能影响免疫调节。每日补充2000IU维生素D3，每周进行3次有氧运动有助于改善免疫状态。
术后1年内妊娠可降低复发风险，孕激素环境抑制异位内膜生长。辅助生殖技术需避免超促排卵导致的雌激素过高刺激。
术后饮食需限制红肉及反式脂肪酸摄入，增加深海鱼、亚麻籽等抗炎食物；每日进行30分钟快走或游泳等低冲击运动；保持会阴清洁，经期避免使用卫生棉条。出现持续下腹痛或月经异常应及时进行盆腔MRI检查。
