手足口病后遗症较少见，多数患儿痊愈后无长期影响，少数可能出现神经系统损害、心肌炎或指甲脱落等并发症。
1、神经系统损害：
肠道病毒71型感染可能引发脑炎或脑膜炎，表现为持续头痛、肢体无力或认知功能障碍。这类情况需神经内科评估，通过脑电图、核磁共振等检查明确损伤程度，康复治疗包括营养神经药物和功能训练。
2、心肌损伤：
柯萨奇病毒A16型感染可能导致心肌酶升高，出现心悸、活动耐力下降等症状。建议定期复查心电图和心脏超声，避免剧烈运动，必要时使用辅酶Q10等心肌营养药物。
3、指甲改变：
约5%患儿在发病后2-4周出现指甲横沟博氏线或片状脱落，这与病毒感染影响甲母质有关。一般无需特殊处理，新生指甲3-6个月可完全替换病甲。
4、皮肤色素沉着：
疱疹消退后可能遗留暂时性褐色斑疹，多见于手掌足底部位。通常半年内逐渐淡化，外出时做好防晒可加速恢复，避免使用刺激性护肤品。
5、吞咽功能障碍：
重症患儿口腔溃疡严重时可能形成进食恐惧心理，表现为长期拒食或咀嚼困难。建议循序渐进引入温凉流食，配合言语治疗师进行吞咽训练。
康复期需保证优质蛋白和维生素摄入，如鸡蛋、鱼肉及深色蔬菜，促进黏膜修复。每日保持适量户外活动，但避免人群密集场所。观察患儿精神状态、进食量及肢体活动情况，若出现行走不稳、持续嗜睡或胸痛等症状应及时复诊。恢复后6个月内建议每月测量身高体重，评估生长发育是否受影响。
