扩增片段长度多态性AFLP是一种基于PCR技术的DNA指纹图谱分析方法，主要用于检测基因组DNA的多态性差异。其核心步骤包括限制性酶切、接头连接、选择性扩增和电泳分析。
1、酶切与连接：
基因组DNA经两种限制性内切酶通常为EcoRI和MseI消化后，产生不同长度的片段。酶切产物两端连接特定接头序列，为后续PCR扩增提供引物结合位点。
2、预扩增阶段：
使用与接头序列匹配但末端含1个选择性碱基的引物进行首轮PCR扩增，显著降低片段复杂度。该步骤可提高后续选择性扩增的特异性。
3、选择性扩增：
采用末端含2-3个选择性碱基的引物进行第二轮PCR，仅扩增部分匹配片段。选择性碱基数量决定扩增条带数量，通常产生50-100条可检测条带。
4、电泳检测：
扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后，通过银染或荧光标记显示多态性条带。不同个体因基因组差异会呈现独特的条带分布模式。
5、数据解析：
通过比对电泳图谱中条带的有无及迁移率差异，可计算遗传相似性系数。该方法分辨率可达单个核苷酸差异，适用于群体遗传学和品种鉴定研究。
该技术操作时需注意DNA提取质量直接影响酶切效率，建议采用CTAB法或商业化试剂盒获取高纯度DNA。实验环境需保持洁净以避免外源DNA污染，所有耗材应经高压灭菌处理。数据分析阶段建议使用专业软件如GeneMarker进行条带判读，设置内参样本确保不同批次结果可比性。对于临床样本检测，需建立标准化操作流程并通过盲法验证重复性。
