功能性月经不调可通过中药辨证论治，主要采用调理冲任、疏肝健脾、补肾活血等方法，具体用药需根据患者不同的证型来选择，常见治法有疏肝解郁法、健脾养血法、补肾调经法、活血化瘀法和滋阴清热法。
疏肝解郁法适用于肝气郁结导致的月经不调，这类患者常伴有情绪抑郁、胸胁胀痛、经前乳房胀痛等症状，中药常选用逍遥散为基础方进行加减，方中柴胡疏肝解郁，当归白芍养血柔肝，白术茯苓健脾益气，使肝气条达、气血平和，月经周期自然恢复规律。健脾养血法针对思虑过度、饮食不节损伤脾胃导致气血生化不足的患者，典型表现为月经量少、色淡、小腹空坠感，治疗上以归脾汤或八珍汤为主，人参黄芪白术健脾益气，当归川芎熟地白芍补血养阴，通过恢复脾胃运化功能来化生气血，月经量可逐渐增多。补肾调经法用于肾气亏虚引起的月经周期紊乱，多见于先天禀赋不足或后天劳损过度的女性，症状以月经先后不定、腰膝酸软、头晕耳鸣为特征，治疗常用左归丸或右归丸随证加减，熟地山药山茱萸补益肾精，肉桂附子温补肾阳，使肾中阴阳平衡，月经的定期来潮得到保障。
活血化瘀法针对血瘀阻滞胞宫导致的月经推迟或经行腹痛，患者多表现为经色紫黯有血块、小腹刺痛拒按，治疗时使用桃红四物汤或少腹逐瘀汤加减，桃仁红花当归川芎赤芍活血通经，延胡索蒲黄五灵脂化瘀止痛，瘀血去新血生，月经排出的通道自然通畅。滋阴清热法适用于阴虚血热引起的月经先期或经期延长，患者常有心烦失眠、手足心热、口干咽燥等表现，治疗上采用两地汤或清经散加减，生地玄参麦冬滋阴生津，地骨皮青蒿丹皮清透虚热，通过养阴凉血使血海安宁，月经周期和经期恢复到正常范围。中药治疗功能性月经不调强调个体化用药，患者应在中医师的指导下选择适合自身体质的方剂，同时保持良好的作息习惯和稳定情绪，减少辛辣刺激性食物摄入，配合适度运动如散步或瑜伽，能够帮助疗效发挥更佳。
中药调理功能性月经不调需要一定周期，通常坚持三个月经周期以上才能看到稳定效果，期间患者可注意记录基础体温和月经来潮日期，为医生调整药方提供依据，同时避免过度节食减肥或滥用紧急避孕药，保持心情舒畅有利于肝气疏泄和气血运行，配合艾灸关元气海等穴位可辅助提升治疗作用，让月经逐步恢复自然节律。
