真菌可通过白僵菌、绿僵菌、拟青霉菌、木霉菌、轮枝菌等种类实现生物防治作用，其作用机制包括寄生、竞争营养或产生抗菌物质。
1、白僵菌：
白僵菌通过体壁侵入昆虫体内繁殖，导致宿主死亡，对鳞翅目害虫防治效果显著。该菌可制成粉剂或悬浮液喷洒，环境湿度需保持60%以上以促进孢子萌发。使用时应避免与化学杀菌剂混用，对人畜安全但可能引起过敏反应。
2、绿僵菌：
绿僵菌主要防治地下害虫和鞘翅目昆虫，其代谢产物破坏昆虫表皮结构。田间应用时配合有机肥可提高菌群定殖率，最适作用温度为25-30℃。该菌对蝗虫防治效果达70%以上，持续效果可达2-3个生长季。
3、拟青霉菌：
拟青霉菌通过分泌几丁质酶分解昆虫体壁，对蚜虫和粉虱等刺吸式害虫有效。菌剂与0.5%糖水混合喷洒可增强引诱效果，阴天施用能延长孢子存活时间。该菌与植物共生时还能促进根系发育。
4、木霉菌：
木霉菌通过竞争空间和养分抑制植物病原真菌，对镰刀菌和丝核菌防治效果突出。固体发酵培养后可直接施入土壤，配合秸秆覆盖能提高菌群活性。该菌株还能分解有机质释放磷钾元素。
5、轮枝菌：
轮枝菌产生的轮枝孢素可穿透线虫体壁，对根结线虫防效达80%。菌剂灌根时保持土壤含水量40%效果最佳，与淡紫拟青霉混用可扩大防治谱。该菌在pH6-7.5的土壤中活性最强。
应用真菌防治时需根据目标生物选择专用菌种，配合增施腐殖酸改善微生物生存环境。作物收获前20天应停止施用，储存菌剂需避光防潮。柑橘园可交替使用白僵菌和绿僵菌防治潜叶蛾，蔬菜大棚采用木霉菌拌土预防猝倒病，玉米田用拟青霉菌叶面喷雾防治粘虫。生物防治需持续使用3年以上才能建立稳定微生物群落。
