益生菌主要通过调节肠道菌群平衡发挥健康作用。常见效果包括改善消化功能、增强免疫调节、缓解乳糖不耐受症状等，具体作用与菌株类型及个体差异密切相关。
改善消化功能是益生菌最直接的作用。肠道菌群紊乱可能导致腹胀、腹泻或便秘，双歧杆菌、乳酸杆菌等益生菌能抑制有害菌繁殖，促进短链脂肪酸生成，从而加速肠道蠕动。对于抗生素相关性腹泻，布拉氏酵母菌可显著降低发生率。
免疫调节功能体现在多个层面。鼠李糖乳杆菌通过激活树突细胞增强黏膜免疫，罗伊氏乳杆菌能降低过敏原特异性IgE水平。临床研究显示，持续补充特定益生菌可使呼吸道感染发生率下降约30%，这种作用在儿童群体中尤为明显。
乳糖不耐受症状缓解与β-半乳糖苷酶活性相关。保加利亚乳杆菌等产酶菌株能分解乳制品中的乳糖，减轻腹胀、肠鸣等不适。对于继发性乳糖酶缺乏者，配合益生菌摄入可使乳制品耐受量提升50%以上。
特殊菌株还具有额外健康效益。嗜酸乳杆菌DDS-1对幽门螺杆菌有抑制作用，植物乳杆菌299v能改善肠易激综合征患者的腹痛症状。部分临床试验证实，特定益生菌组合可降低妊娠期糖尿病风险，这种代谢调节作用与胆汁酸代谢改变有关。
选择益生菌需注意活菌数量与菌株特异性。多数研究认为每日摄入10^8-10^10CFU才能保证菌株定植效果，耐胃酸包埋技术可提升存活率。不同菌株功能存在差异，联合使用多种菌株可能获得更全面的效益。
