黑三棱具有破血行气、消积止痛的功效，主要用于治疗血瘀经闭、痛经、产后瘀滞腹痛、癥瘕积聚、食积胀痛等病症。黑三棱是临床常用的活血化瘀药，其作用机制主要与抑制血小板聚集、改善微循环、抗炎镇痛等药理活性相关。
黑三棱含有黄酮类、挥发油等活性成分，能显著抑制血小板聚集，降低血液黏稠度，促进局部血液循环。对于气滞血瘀引起的痛经，可与当归、川芎配伍使用；治疗产后恶露不尽常配益母草、桃仁。需注意孕妇及月经过多者禁用。
该药对子宫肌瘤、卵巢囊肿等妇科良性肿瘤有软化缩小作用，常与莪术组成药对增强疗效。现代研究表明其提取物能抑制平滑肌细胞异常增殖，临床多用黑三棱胶囊或配伍桂枝茯苓丸加减。用药期间应定期复查超声监测病灶变化。
黑三棱挥发油成分对胃肠平滑肌有双向调节作用，既能缓解肠痉挛疼痛，又可促进胃肠蠕动。治疗食积气滞导致的脘腹胀痛时，常与木香、砂仁同用。脾胃虚弱者慎用，避免加重腹泻症状。
实验显示黑三棱乙醇提取物可抑制前列腺素E2合成，减轻组织水肿和炎性渗出。对于跌打损伤引起的局部瘀肿，可外用黑三棱酊剂湿敷。皮肤破损处禁用，过敏体质者使用前需做皮试。
黑三棱多糖成分能增强巨噬细胞吞噬功能，调节Th1/Th2细胞平衡。在辅助治疗慢性盆腔炎时，与红藤、败酱草配伍可改善免疫功能。自身免疫性疾病患者应在医师指导下谨慎使用。
使用黑三棱期间应忌食生冷辛辣，避免与抗凝药物同服。建议在中医师辨证指导下选择黑三棱片、黑三棱颗粒等剂型，定期监测凝血功能。血虚无瘀及体质虚弱者不宜长期服用，出现皮肤瘀斑、鼻衄等出血倾向时应立即停药就医。日常可配合艾灸气海、关元等穴位增强疗效。
