加味逍遥丸的副作用通常较轻微，主要有胃肠道不适、过敏反应、月经改变、头晕乏力、肝肾功能异常等表现。
部分患者服用后可能出现恶心、呕吐、腹胀或腹泻等症状，这与药物中柴胡、薄荷等成分对胃肠道的刺激有关。若空腹服药或脾胃虚弱者更易发生，建议饭后服用以减轻刺激，若症状持续应停药并咨询医生。
少数体质敏感人群可能出现皮肤瘙痒、红疹、荨麻疹甚至呼吸困难等过敏现象，多由当归、白芍等中药成分引发。一旦出现皮疹或呼吸急促，须立即停药并就医，既往有药物过敏史者慎用此药。
该药具有疏肝清热、健脾养血功效，部分女性在服药初期可能出现月经周期提前、经量增多或经期延长等情况，属机体调节过程中的暂时反应。若月经紊乱持续超过两个周期，需评估是否适合继续用药。
个别患者因个体差异或剂量不当，可能出现轻度头晕、疲倦、注意力不集中等神经系统反应，可能与丹皮、栀子等清热成分影响气血运行有关。出现此类症状时应避免驾驶或高空作业，并及时调整用药方案。
长期或过量服用可能增加肝脏代谢负担，极少数人可表现为转氨酶升高或肾功能指标波动，尤其原有慢性肝病或肾病患者风险更高。用药期间应定期监测肝肾功能，严格遵医嘱控制疗程和剂量。
日常应注意饮食清淡，避免辛辣油腻食物干扰药效，保持情绪稳定有助于肝气疏泄，适量进行散步、太极拳等温和运动促进气血流通，服药期间忌饮浓茶及酒精饮品，若出现任何不适应及时就诊并在专业医师指导下调整治疗方案，切勿自行增减药量或延长使用时间。
