藿香正气滴丸具有解表化湿、理气和中的功效，主要用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等，胃肠型感冒见上述证候者也可应用。
藿香正气滴丸中的广藿香油能发散风寒，紫苏叶油可解表散寒，二者协同改善恶寒发热等表证。对于夏秋季因淋雨、贪凉引发的头身困重、鼻塞流清涕等症状，可发挥祛湿解表作用。所含白芷能增强辛温发汗效果，但阴虚火旺者慎用。
半夏、厚朴等成分能行气降逆，缓解湿浊中阻引起的脘腹胀满、嗳气吞酸。陈皮可调理脾胃气滞，配伍茯苓白术能减轻水湿停滞导致的厌食纳差。临床常见于急性胃肠炎初起时，与诺氟沙星胶囊联用需间隔2小时。
大腹皮配伍甘草可双向调节胃肠功能，既改善湿浊上逆所致的呕吐恶心，又能缓解水湿下注引发的腹泻。对于暑天饮食不洁造成的非感染性腹泻效果较好，但细菌性痢疾需联用盐酸小檗碱片。
针对夏季暑湿夹杂风寒的特殊感冒类型，其组方符合芳香化湿的治则。相比银翘解毒片等风热感冒药，更适用于伴有舌苔白腻、腹泻的低热症状。儿童用药需遵医嘱减量，不可与蒙脱石散同时冲服。
所含生姜、半夏成分可通过调节前庭功能减轻晕车晕船引起的恶心眩晕。建议出行前30分钟服用，配合盐酸苯环壬酯片使用效果更佳。但青光眼患者禁用，服药期间避免食用生冷油腻食物。
使用藿香正气滴丸期间应饮食清淡，避免辛辣刺激性食物。用药3天后症状无缓解或出现发热呕吐加重，应及时就医。不宜在服药期间同时服用滋补性中药，如六味地黄丸。高血压、心脏病等慢性病严重者应在医师指导下服用，运动员慎用。
