藿香正气合剂的禁忌主要包括对药物成分过敏者禁用、酒精过敏者禁用、婴幼儿及孕妇慎用、伴随严重基础疾病者禁用以及服药期间禁止驾驶或高空作业。藿香正气合剂是一种中成药制剂，含乙醇成分，需严格遵循医嘱使用。
藿香正气合剂含有广藿香油、紫苏叶油等中药成分，若患者既往对上述成分存在过敏反应，可能出现皮疹、皮肤瘙痒或呼吸困难等症状。此类人群使用后可能诱发严重过敏反应，甚至导致过敏性休克。用药前需详细阅读药品说明书，过敏体质者应在医师评估后使用。
该制剂制备过程中加入乙醇作为溶剂，酒精含量较高。酒精过敏者服用后可能出现面部潮红、心悸等双硫仑样反应，同时服用头孢类抗生素可能引发严重不良反应。慢性酒精中毒、肝功能受损者需禁用，用药期间还应避免与其他含酒精饮品或药物同服。
婴幼儿因肝脏代谢功能不完善，孕妇因可能影响胎儿发育，均需在医师指导下谨慎使用。哺乳期妇女服药期间应暂停哺乳，老年患者需根据肝肾功能调整用量。糖尿病患需注意制剂中含有的辅料糖分可能影响血糖控制。
伴有心功能不全、严重高血压、消化道溃疡活动期等基础疾病患者禁用。该药可能加重心脏负担或刺激胃肠黏膜，癫痫患者服用可能诱发发作。发热超过38.5℃或出现明显脱水症状时，需及时就医而非自行服药。
服药后6小时内禁止驾驶车辆或操作精密仪器，因乙醇成分可能影响中枢神经系统功能。高空作业、机械操作等需要高度集中注意力的工作者，应在非工作时间用药或选择无酒精剂型替代。
使用藿香正气合剂期间应保持清淡饮食，避免辛辣刺激性食物，服药后适当饮水促进代谢。储存时需置于阴凉避光处，开封后若出现沉淀或气味改变应立即停用。若用药3天后症状无缓解，或出现恶心呕吐、头晕心悸等不适，需立即停药并就医检查。不建议长期连续使用超过7天，慢性疾病患者用药前需与主治医师沟通现有治疗方案。
