明目上清丸具有清热散风、明目止痛的作用，主要用于风热上攻引起的眼目昏暗、迎风流泪等症状。
明目上清丸中的菊花、薄荷等成分能疏散风热，缓解外感风热导致的眼部红肿、灼热感。适用于季节性过敏性结膜炎或病毒感染早期，伴随头痛、鼻塞等上呼吸道症状时使用。
黄连、黄柏等苦寒药材可抑制炎症反应，减轻眼睑肿胀及结膜充血。对于麦粒肿初期或轻度化学性眼外伤引发的疼痛有明显缓解作用。
方中蝉蜕、决明子等具有清肝明目功效，可改善肝火上炎导致的视物模糊。对早期老年性白内障或长时间用眼过度引起的视觉疲劳有一定辅助治疗效果。
防风、荆芥穗能收敛止痒，针对过敏性结膜炎导致的眼痒、畏光、流泪症状。与人工泪液配合使用可增强角膜湿润度，减少异物感。
栀子、酒大黄能清泻肝经实火，缓解长期熬夜或情绪抑郁引发的眼睛干涩、酸胀。对青光眼患者眼压升高时的辅助调理需在医生指导下进行。
使用明目上清丸期间应避免辛辣刺激饮食，服药后出现腹泻需减量。糖尿病患者慎用含蜂蜜丸剂，眼部症状持续3天未缓解或伴有视力下降、眼压升高等情况应立即停用并就诊眼科。建议配合20-20-20护眼法则，每20分钟远眺20英尺外20秒，避免与滋补类中药同服。
