明目上清丸对肝火上炎或风热所致的目赤肿痛、视物模糊等症状有一定缓解效果。其主要成分为黄连、黄芩、栀子等清热泻火类药物，适用于眼结膜充血、畏光流泪等实证表现，但青光眼、眼底病变等器质性疾病需结合其他治疗。
明目上清丸通过黄连中的小檗碱、黄芩中的黄芩苷等成分发挥抗炎作用，能减轻眼部毛细血管扩张导致的红肿热痛。对于用眼过度引起的暂时性视疲劳，其清热功效可缓解酸胀不适感。药典记载该方剂对急性结膜炎早期出现的分泌物增多有收敛效果，但细菌性结膜炎需同步使用抗生素眼药水。
部分患者服用后可能出现胃肠轻微不适，这与方中苦寒药材刺激胃黏膜有关。药效持续时间因人而异，通常连续用药3-5天症状未改善应停用。糖尿病患者需注意丸剂中的蜂蜜辅料。儿童、孕妇及脾胃虚寒者慎用，有报道显示体质敏感者可能出现皮肤瘙痒等过敏反应。
使用期间应避免辛辣燥热食物，保证充足睡眠可增强疗效。若伴随头痛眼压升高或视力骤降，应及时排查青光眼等急症。长期视物不清者需接受裂隙灯检查，排除白内障等退行性病变。中药调理需辨证施治，不建议自行联合其他清热类药物服用。
