避孕药的危害程度与个体差异、用药类型及使用时长有关，短期规范使用通常安全性较高，长期或不当使用可能增加血栓、内分泌紊乱等风险。
短效避孕药如屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等，正确使用时避孕有效性高，不良反应多较轻微，可能出现恶心、乳房胀痛、不规则出血等，多数在用药初期出现并逐渐缓解。复方口服避孕药中的雌激素可能轻微升高静脉血栓概率，但健康非吸烟女性风险绝对值仍低。孕激素制剂如左炔诺孕酮片对代谢影响较小，但可能引发月经模式改变或情绪波动。紧急避孕药含大剂量激素，单次使用可能导致明显恶心头痛，重复使用会扰乱月经周期。存在高血压、糖尿病、吸烟史的群体需谨慎评估心血管风险，部分人群可能诱发血糖波动或血压升高。
长期使用避孕药超过5年需关注潜在累积效应，可能增加乳腺癌、宫颈癌筛查异常概率，但卵巢癌和子宫内膜癌风险有所降低。含雌激素药物可能影响凝血功能，术后或长期卧床者需警惕深静脉血栓。部分女性出现药物性肝损伤或胆囊疾病，与激素代谢途径相关。严重不良反应如心肌梗死、脑卒中等多见于40岁以上吸烟或肥胖人群。药物相互作用如抗癫痫药、抗生素等可能降低避孕效果或加重副作用。
使用避孕药前应全面评估个人健康状况，避免与烟草、酒精协同增加血管风险。用药期间定期监测血压、肝功能及乳腺情况，出现持续头痛、胸痛、视觉异常需立即就医。建议每年进行妇科检查，长期用药者可间歇性停药观察身体反应。选择最低有效剂量剂型，避免自行延长用药周期，哺乳期及围绝经期女性需咨询医生调整方案。
