明目上清丸具有清热散风、明目止痛的功效，主要用于风热上攻引起的目赤肿痛、视物昏花等症状。该中成药的主要成分包括黄连、黄芩、栀子等清热泻火药，以及菊花、薄荷等散风明目药。
明目上清丸中的菊花、薄荷等成分能疏散风热，改善因风热侵袭导致的眼部充血发红。对于夏季常见的结膜炎早期表现如眼睑灼热感、畏光流泪等症状，配合冷敷可缓解黏膜充血。过敏体质者需谨慎使用含挥发性成分的药材。
黄芩苷与栀子苷等成分通过抑制炎症因子释放，减轻细菌性或病毒性结膜炎的分泌物增多现象。在麦粒肿初起阶段使用可帮助缩小睑板腺脓肿范围。服药期间应避免辛辣饮食以防加重内热。
方中决明子含大黄酚苷可调节睫状肌紧张度，适用于长期用眼过度造成的视物模糊。对于电脑视觉综合征伴随的干涩症状，建议联合人工泪液使用。青光眼患者须在医生指导下控制用药周期。
川芎等活血成分能改善风热挟瘀导致的头痛目眩，对高血压引起的眼部胀痛有辅助缓解作用。若出现视物旋转或视野缺损等脑血管病征兆时，应立即停用并接受专科检查。
车前子等利水渗湿成分对青光眼早期眼压波动有一定调节效果。但急性闭角型青光眼发作时需优先使用毛果芸香碱滴眼液等专科药物，不可依赖本药品控制眼压。
服用明目上清丸期间需忌烟酒及油腻食物，连续用药不超过两周。糖尿病患者应注意该制剂含蜂蜜辅料。出现眼部剧烈疼痛、视力骤降或看灯光出现虹视现象时，提示可能存在急性青光眼或葡萄膜炎等急症，须立即停用并就医。建议配合20-20-20用眼法则（每20分钟远眺20英尺外景物20秒）改善视疲劳，中老年患者用药前应进行眼底检查排除黄斑变性等器质性疾病。
