肌肉疼痛建议首诊骨科或疼痛科。肌肉疼痛可能涉及骨骼肌肉系统、神经压迫或代谢性疾病，不同病因对应科室选择有所差异。
骨科是处理肌肉骨骼问题的首选科室。肌肉拉伤、肌筋膜炎、颈椎病等常见肌肉疼痛多由运动损伤或慢性劳损引起，骨科医生可通过体格检查结合影像学评估肌肉骨骼状态。若疼痛伴随关节活动受限、局部肿胀或外伤史，X光或核磁共振能明确是否存在肌肉撕裂、韧带损伤或骨关节病变。
疼痛科适合慢性顽固性肌肉疼痛患者。纤维肌痛综合征、肌筋膜疼痛综合征等疾病常表现为广泛性肌肉酸痛和压痛，疼痛科医生擅长采用神经阻滞、冲击波等综合治疗。当疼痛持续超过3个月且常规治疗无效时，疼痛科可提供精准诊断和阶梯化镇痛方案。
风湿免疫科适用于伴随全身症状的肌肉疼痛。若肌肉酸痛合并晨僵、皮疹或低热，需排查类风湿关节炎、多发性肌炎等自身免疫病，此时需检测肌酶谱和自身抗体。内分泌科则处理代谢性肌病，如甲状腺功能异常导致的肌无力伴酸痛，通过激素检测可明确诊断。
急诊科仅适用于急性创伤或危重情况。当肌肉疼痛伴随意识障碍、酱油色尿或高热时，可能提示横纹肌溶解症等急症，需立即就医。日常轻度肌肉酸痛可先尝试热敷、休息等自我护理，若72小时无缓解或加重应及时专科就诊。
