服用唇齿清胃丸需注意肝功能异常者禁用、孕妇慎用、避免生冷油腻饮食，可能出现轻度胃肠不适症状，服药期间禁酒并遵医嘱监测不良反应。
唇齿清胃丸含有大黄、黄芩等寒凉药材，脾胃虚寒者长期服用可能加重腹痛腹泻症状。胃肠功能较弱的人群初次服用可能出现恶心、胃脘隐痛等反应，建议餐后半小时温水送服以减轻刺激。药方中栀子、连翘等成分可能影响凝血功能，术前两周或服用抗凝药物者需提前告知医生调整用药。
该药适用于胃火炽盛引起的牙龈肿痛、口臭等症状，非适应证滥用可能掩盖消化道器质性疾病。服药3天后症状无改善或出现皮疹、头晕等过敏反应应立即停药就医。老年患者及儿童应在医生指导下减量使用，合并糖尿病者需注意辅料中含糖成分对血糖的影响。
唇齿清胃丸不宜与含鞣质的中成药同服以防降低药效，储存时需密封避光防止药材氧化。治疗期间应保持口腔清洁，搭配富含维生素B2的瘦肉、蛋黄等食物有助于黏膜修复，避免辣椒、洋葱等刺激性食物加重胃热症状。
