牛黄十三味丸主要具有清热解毒、开窍镇惊的功效。
牛黄十三味丸中的牛黄和栀子能够清除体内热毒，黄连与黄芩具有抗炎作用，可用于治疗热毒壅盛引起的咽喉肿痛、口舌生疮。珍珠母和冰片协同发挥凉血解毒效果，对皮肤疮疡有一定疗效。该药适用于外感风热或饮食不当导致的热症，服药期间应避免辛辣油腻食物。
方中人工麝香与安息香能通络开窍，配伍石菖蒲可改善热陷心包导致的神昏谵语。对中风昏迷早期或高热惊厥出现的意识障碍具有辅助苏醒作用。儿童使用时需严格控制剂量，孕妇禁用含麝香成分。部分人群可能出现头痛、恶心等反应需立即停药。
朱砂与琥珀可重镇安神，配合郁金疏解肝郁，适用于心肝火旺引起的失眠多梦、烦躁易怒。需注意朱砂含汞化合物，长期使用可能导致重金属蓄积，连续服药不宜超过两周。焦虑抑郁患者用药期间需监测情绪变化。
全蝎和僵蚕具有熄风止痉功效，可缓解热极生风引起的手足抽搐。对小儿高热惊厥有预防作用，但不可替代抗癫痫药物。使用时应配合物理降温，若抽搐持续发作需及时就医。肝肾功能不全者慎用动物药成分。
没药与乳香配伍能活血消肿，对热毒淤阻导致的关节肿痛有效。可辅助治疗急性扁桃体炎、淋巴结炎等炎症性疾病。服药期间出现皮疹或胃肠道不适应减量，消化性溃疡患者禁用。
牛黄十三味丸作为处方药需严格遵医嘱使用，不可超量或长期服用。服药期间保持饮食清淡，避免与含重金属或强心苷类药物同服。出现心慌、皮疹等不良反应立即停用并就医。儿童、孕妇及年老体弱者应在医师指导下调整剂量，用药期间定期检测肝肾功能。
