阴茎短小可能对生理和心理产生多方面影响，主要涉及性功能、生育能力及心理健康。具体危害可分为以下几类：
性功能障碍
阴茎短小可能影响正常性生活质量。勃起后长度不足可能导致性交困难，部分患者可能出现插入障碍或伴侣性满意度下降。解剖学上，海绵体发育不良可能伴随勃起硬度不足。
生育能力受限
严重发育异常可能影响精液输送效率。尿道下裂等合并畸形可能进一步干扰射精功能，但需明确单纯长度不足未必直接导致不育，需结合精液质量评估。
心理社会问题
青春期后阴茎发育滞后易引发焦虑、自卑等情绪。部分患者可能出现社交回避或亲密关系障碍，严重者可发展为躯体变形障碍BDD，需心理干预。
潜在病理性因素
部分病例与克氏综合征47，XXY、低促性腺激素性性腺功能减退等内分泌疾病相关，可能伴随第二性征发育迟缓，需排查染色体异常或垂体病变。
特殊情况提示
医学上阴茎长度低于同龄人平均值2.5个标准差可诊断为小阴茎症，但多数自认为短小者实际在正常范围。测量应以耻骨到龟头尖的疲软状态长度≥2.5厘米或勃起状态≥7.5厘米为临界值。
存在相关困扰者建议至泌尿外科或内分泌科就诊，通过激素检测、基因筛查等手段明确病因。心理评估与伴侣共同咨询可能改善生活质量，器质性病变需针对性治疗。
