事后避孕药通常是有危害的，但其危害程度与使用频率和个体差异有关，偶尔服用一次一般不会有严重后果，但频繁使用则可能对女性健康造成明显影响。紧急避孕药不作为常规避孕手段，建议仅在无保护性生活后作为紧急补救措施。
这是服用事后避孕药最常见的危害。该类药物的主要成分是高剂量孕激素，这会强行改变女性体内的激素水平和子宫内膜状态，导致月经提前、推迟或淋漓不尽。多数人在服药后一周左右会出现撤退性出血。这种紊乱通常是暂时的，但如果反复使用，可能会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能，导致周期长期不规律。
胃肠道反应是另一类高发的不良反应。由于药物对胃肠黏膜的直接刺激以及激素水平骤变影响消化功能，患者可能会出现明显的恶心、头晕或食欲不振的肠胃道不适。如果服药后2小时内发生呕吐，药物可能已被部分排出，此时需要考虑补服一次，这又会增加激素的摄入量，加重身体负担。
高剂量的孕激素可引起血管舒缩功能异常，导致患者出现头痛或偏头痛发作。同时，药物引起的雌孕激素比例失调会刺激乳腺导管和腺泡，引发乳房胀痛。这些症状通常会在下一次月经来潮后逐渐缓解，但如果疼痛剧烈或持续存在，应警惕是否合并了其他妇科问题。
有研究表明，服用事后避孕药失败而发生妊娠的女性，发生异位妊娠的概率略高于未用药者。这可能是因为药物改变了输卵管的蠕动节律，阻碍受精卵正常向宫腔移动，使其着床在输卵管等异常位置。因此，服药后若出现异常阴道出血或剧烈单侧下腹痛，需及时就医排除宫外孕。
虽然单次服用一般不会造成永久损害，但一年内多次服用（超过3次）可能会长期干扰卵巢的正常排卵节律，增加排卵障碍的风险。反复的激素冲击还可能导致子宫内膜变薄，若未恢复好，可能影响后续受精卵的着床成功率。临床上建议，若没有生育计划，应选择短效口服避孕药或放置宫内节育器等更规律、安全的避孕方法。
为了最大程度维护生殖健康，使用事后避孕药后应密切观察下一次月经情况，平时应注意保持规律作息，多摄入富含维生素C和维生素E的新鲜蔬菜水果，如猕猴桃和坚果，有助于抗氧化和维持激素稳定。如果发生月经延迟超过7天，建议使用早孕试纸检测或前往妇科排查是否妊娠。切勿将紧急避孕药作为常规避孕手段，以免重复的激素干预损伤卵巢功能和子宫内膜容受性。
