紧急避孕药在无保护性行为或避孕失败后72小时内尽早服用伤害相对较小，但任何时间服用均存在一定健康风险。紧急避孕药主要有左炔诺孕酮片、米非司酮片等类型，其使用时机、药物种类及个体差异均会影响对身体的潜在影响。
在无保护性行为发生后尽快服用紧急避孕药，通常是指72小时内的较早时段。药物越早服用，其阻止排卵或干扰受精卵着床的成功概率越高，理论上因需要更大剂量或更长时间作用而对内分泌系统产生的干扰可能相对减轻。选择单次剂量较大的左炔诺孕酮片进行事后补救，其引起恶心、呕吐、不规则阴道出血等短期不良反应的概率，相较于延迟服用或重复使用可能略低。对于仅使用一次且非频繁使用的女性，身体激素水平在药物代谢后较有可能在后续月经周期中自行恢复，对远期生育能力的潜在影响也相对有限。
若在性行为后较晚时间，例如接近72小时时限才服药，或是在同一月经周期内重复使用紧急避孕药，则身体伤害风险会显著增加。药物延迟服用会导致避孕失败率上升，一旦避孕失败，后续面临意外妊娠及人工流产的风险本身就是一种身心伤害。重复或频繁使用会严重扰乱正常的 hypothalamic-pituitary-ovarian axis，导致月经周期紊乱、经量改变、甚至诱发功能性子宫出血，长期可能增加不孕的风险。部分女性服用后可能出现较严重的胃肠道反应或持续性点滴出血，影响日常生活。对于本身患有血栓性疾病、严重偏头痛、肝脏疾病或乳腺癌等疾病的女性，服用紧急避孕药可能加重原有病情，带来额外的健康风险。
紧急避孕药仅能作为事后紧急补救措施，不能替代常规避孕方式。反复使用会显著增加健康风险，导致月经不调、内分泌紊乱等问题。若服药后出现严重腹痛、剧烈头痛、视力模糊或月经推迟超过一周，须及时就医排除宫外孕或其他疾病。为保护生殖健康，应优先选择避孕套、短效口服避孕药等高效且伤害小的常规避孕方法，并咨询医生选择最适合自身的方案。
