巨细胞病毒性肝炎可导致肝功能损害、免疫抑制及多系统并发症。该病毒感染主要影响肝脏、血液系统及消化系统，严重程度与患者免疫状态密切相关。
免疫功能正常者感染后多表现为轻度肝炎，可能出现乏力、低热、转氨酶轻度升高等症状，通常2-3周内自愈。这类患者肝脏损伤多为暂时性，不会遗留永久性病变。
免疫功能低下者如器官移植术后、艾滋病患者易发生重型肝炎，典型表现包括持续高热、黄疸进行性加重、凝血功能障碍。约30%患者会发展为肝硬化，部分病例可能出现急性肝衰竭。血液系统受累时可出现血小板减少、溶血性贫血等并发症。
新生儿先天性感染危害最为严重，除肝炎症状外常伴有小头畸形、感音神经性耳聋、视网膜脉络膜炎等永久性损害。约10%患儿会出现智力发育迟缓，其中5%可能发展为肝纤维化。
长期影响方面，慢性活动性感染可导致门静脉高压、食管胃底静脉曲张等严重并发症。移植患者中约15%会发生移植物功能丧失，需要二次肝移植。定期监测病毒载量、肝功能指标及肝脏影像学检查是评估病情进展的关键。
出现持续黄疸、意识改变或出血倾向时应立即就医。对于免疫缺陷患者，早期使用更昔洛韦等抗病毒药物可显著改善预后。妊娠期女性需进行巨细胞病毒筛查，阳性者需接受专业产前咨询。
