结缔组织病多数情况下需要长期甚至终身服药控制病情，少数轻症患者在医生指导下可能尝试减停药物。该病治疗主要涉及糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂、抗疟药及非甾体抗炎药等方案。
糖皮质激素是治疗结缔组织病的基石药物，对于大多数中重度患者而言，体内炎症反应强烈，必须依靠此类药物迅速抑制免疫系统过度激活。若擅自停药，极易导致病情反跳甚至危及生命。这类药物能缓解关节肿痛、皮疹及内脏损害，但长期使用需警惕骨质疏松、血糖升高等副作用，必须在医生严密监测下调整剂量，不可自行决定增减或停用。
免疫抑制剂常用于减少激素用量并维持病情稳定，针对系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等疾病，此类药物能从根本上调节免疫紊乱。由于结缔组织病多为慢性自身免疫性疾病，免疫系统异常难以彻底根治，因此往往需要长期服用甲氨蝶呤片、环磷酰胺片或硫唑嘌呤片等药物来压制异常免疫应答，防止器官进一步受损，停药风险极高。
生物制剂针对特定炎症因子进行精准阻断，适用于传统药物治疗效果不佳的难治性病例。这类药物如注射用利妥昔单抗或依那西普注射液，能有效控制疾病进展，但由于其作用机制特殊且价格较高，通常需要长期规律使用以维持疗效。一旦中断治疗，被抑制的炎症通路可能重新开放，导致疾病复发，故多建议作为长期维持治疗方案的一部分。
抗疟药如硫酸羟氯喹片是系统性红斑狼疮等结缔组织病的背景治疗药物，具有调节免疫、保护脏器及降低血栓风险的作用。该药安全性相对较高，适合长期甚至终身服用以预防疾病复发和减轻远期损害。临床数据显示，长期规范服用抗疟药的患者生存率更高，随意停药会显著增加疾病活动度，因此除非出现严重视网膜病变等禁忌证，否则不建议轻易停用。
极少数病情轻微、处于长期临床缓解状态的患者，在风湿免疫科医生全面评估后，可能存在逐渐减量直至停药的机会。这种情况通常见于病程长、无重要脏器受累且各项免疫指标持续正常的个体。即便如此，减药过程也极为缓慢，需历时数年，并需高频次复查，一旦发现指标波动需立即恢复用药，绝大多数患者仍需保留小剂量药物维持治疗以防万一。
结缔组织病患者日常应注意避免阳光直射，做好防晒措施以防诱发或加重皮疹，同时保持规律作息，避免过度劳累和精神紧张。饮食方面宜清淡易消化，摄入优质蛋白如鱼肉、瘦肉及新鲜蔬菜水果，补充维生素D和钙质以预防骨质疏松。适度进行柔和的运动如散步、太极拳有助于维持关节功能，但应避免剧烈运动造成损伤。定期前往医院风湿免疫科复查血常规、肝肾功能及免疫指标至关重要，严格遵医嘱用药是控制病情、提高生活质量的关键，切勿听信偏方或擅自更改治疗方案。
