肉蔻四神丸的注意事项主要涉及药物成分禁忌、特殊人群用药和药物相互作用三个方面。该药由补骨脂、肉豆蔻、吴茱萸等温补药材组成，需严格遵循中医辨证使用原则。
阴虚火旺者禁用肉蔻四神丸。该药具有温肾散寒功效，适用于脾肾虚寒所致的五更泄泻，但手足心热、潮热盗汗等阴虚症状患者服用可能加重内热。服药期间出现口干舌燥、牙龈肿痛等上火表现时应立即停用。
孕妇及哺乳期妇女需在医师指导下慎用。方中吴茱萸可能刺激子宫平滑肌，存在潜在妊娠风险；药物成分是否通过乳汁分泌尚不明确，哺乳期使用可能影响婴儿。儿童用药需根据体重调整剂量，12岁以下患儿建议优先选择儿科专用制剂。
避免与寒凉性中药同服。肉蔻四神丸与黄连、黄芩等清热类药物同用会降低药效，与含犀角、石膏的制剂配伍可能产生拮抗作用。正在服用洋地黄类强心药的患者需间隔2小时以上使用，防止肉豆蔻成分增强强心苷毒性。
慢性腹泻患者连续用药不宜超过2周。若服药3天后腹泻无改善，或出现黏液脓血便、持续腹痛等肠道感染症状，需及时就医排除细菌性痢疾等器质性疾病。糖尿病患者应注意辅料中蔗糖含量，每6克丸剂约含糖1.8克。
贮藏时应密封避光保存于阴凉处，开封后丸剂易吸潮霉变。服药期间需忌食生冷油腻，保持清淡饮食有助于药效发挥。酒精可能加重吴茱萸对胃肠黏膜刺激，用药期间应避免饮酒。
