藿香正气胶囊的适应人群主要有外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致感冒的患者以及胃肠型感冒、急性胃肠炎患者，亦可辅助改善晕车晕船症状，但对药物成分过敏或特殊人群不宜使用。
一、外感风寒内伤湿滞者
藿香正气胶囊适用于因外感风寒合并湿浊中阻出现头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状的患者。其广藿香油、紫苏叶油等成分可解表化湿，白芷、半夏等帮助理气和胃。此类患者多因淋雨受凉或饮食生冷诱发，常见于夏秋季节交替时。
二、夏伤暑湿感冒者
夏季暑湿侵袭导致恶寒发热、头痛身重、胸闷恶心时适用。夏季高温潮湿环境下，人体易被暑湿邪气困遏，藿香正气胶囊中的苍术、厚朴能燥湿健脾，陈皮、生姜可止呕开胃，对暑湿型感冒伴胃肠不适效果显著。
三、胃肠型感冒患者
病毒性胃肠型感冒出现腹痛腹泻、恶心呕吐时可在医生指导下使用。该药能调节胃肠功能紊乱，缓解因轮状病毒、诺如病毒等引起的胃肠黏膜炎症反应。但需注意与细菌性肠炎鉴别，后者需配合抗生素治疗。
四、急性胃肠炎患者
饮食不洁或寒凉刺激导致的非感染性胃肠炎可辅助使用。药中甘草提取物具有抗炎作用，大腹皮能促进肠蠕动恢复，对轻型胃肠炎的水样便、肠鸣亢进有改善效果。但伴发热或血便时应及时就医。
五、晕动症人群
乘车船前30分钟服用可预防晕动症引发的头晕呕吐。药物通过调节前庭-自主神经功能减轻眩晕，紫苏叶的镇静作用帮助缓解焦虑性恶心。不建议长期用于晕动症治疗，儿童孕妇须遵医嘱减量。
使用藿香正气胶囊期间应忌食生冷油腻食物，酒精可能增强药物中乙醇提取物的不良反应。驾驶员慎用含酒精剂型，服药3天症状未缓解或出现皮疹、心悸等不适需停用。糖尿病患者选择无糖剂型，肝功能异常者不宜长期服用。储存时避开高温潮湿环境，胶囊剂需整粒吞服避免苦味刺激。
