肛门畸形多数情况下可以治愈。治愈效果取决于畸形类型、严重程度及治疗时机，新生儿期发现并及时手术干预者预后较好。
低位肛门闭锁通过肛门成形术可完全修复，术后排便功能接近正常。中位畸形需结合直肠尿道瘘修补术，术后需定期扩肛防止狭窄。高位畸形或合并骶骨发育异常者，可能需分期手术，部分患者术后需长期进行排便训练。
创伤性肛门狭窄通过瘢痕松解术联合生物补片修复效果显著。放射性直肠炎导致的肛门畸形需先控制炎症，再行结肠造瘘或肛门重建。肿瘤术后畸形需评估肿瘤预后后再决定修复方案。
术后护理需坚持肛门清洁与扩肛训练，使用温水坐浴促进愈合。饮食应保持高纤维、低渣，避免辛辣刺激。每日进行提肛运动锻炼盆底肌，3个月内避免剧烈运动。建议每半年复查肛门直肠测压与超声，儿童患者需持续追踪至青春期发育完成。合并排便障碍者可配合生物反馈治疗，心理支持对改善患者生活质量至关重要。
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