紧急避孕药主要通过高剂量激素抑制或延迟排卵、干扰受精及着床来达到避孕效果。其常见副作用包括恶心呕吐、不规则出血、月经改变、头痛及乳房胀痛等，通常持续时间较短。
紧急避孕药中的高效孕激素成分，如左炔诺孕酮片，能够作用于下丘脑和垂体，抑制促性腺激素的释放，从而阻止卵泡的发育和成熟，使得卵巢无法正常排出卵子。这是大多数紧急避孕药发挥主要作用的核心机制之一，且服药时间越接近排卵期，抑制效果越不确切。
药物成分如醋酸乌利司他片，能够改变宫颈黏液的理化性质，使其变得黏稠、量少，形成一道屏障，增加精子穿透宫颈进入子宫腔的阻力。同时，药物还可能影响输卵管的蠕动功能，干扰精子与卵子在输卵管的正常相遇和结合过程，从而降低受精概率。
若在服药前已经发生排卵和受精，高剂量的激素会改变子宫内膜的形态和分泌功能，使子宫内膜变薄、腺体萎缩、间质水肿，导致内膜环境不再适合受精卵的着床和发育。这种对抗着床的机制，是紧急避孕药提供事后补救的重要环节，但并非所有药物都以此为主要作用。
这是最常见的副作用，表现为服药后数小时内出现恶心、呕吐或食欲不振。恶心症状的发生概率较高，但通常无需特殊处理，会在1-2天内自行缓解。若服药后2小时内发生呕吐，可能会影响药物吸收，建议补服一次。空腹服药或服药后立即进食可能加重恶心感。
紧急避孕药的高剂量激素会干扰正常的月经周期，导致下次月经提前或推迟、经量增多或减少。部分女性可能出现非经期的不规则点滴出血，这是因为药物影响了子宫内膜稳定性。月经周期的改变通常是暂时性的，多数可在1-2个周期后恢复正常，无需过度担忧。
药物中的激素成分会引起体内水钠潴留和乳腺组织充血，导致乳房出现胀痛、触痛或沉重感。同时，激素波动也可能诱发血管性头痛或紧张性头痛，表现为双侧头部或前额的胀痛感。这些反应一般较轻微，持续时间不长，若疼痛严重或无法耐受，应及时咨询医生。
少数女性服药后可能出现头晕、乏力、疲劳、下腹部不适或轻微的皮肤反应。这些症状多与个体对激素的敏感性差异有关，通常不需要特殊治疗。若出现严重腹痛、大量出血或疑似宫外孕症状的剧烈疼痛，需立即就医排查。
紧急避孕药仅作为无保护性生活后的补救措施，不宜作为常规避孕手段，一年内使用建议不超过三次。服药后应观察下次月经情况，若推迟超过一周须进行妊娠检测。日常可优先选择复方短效口服避孕药、宫内节育器等高效且副作用更可控的常规避孕方法，以维持内分泌稳定和月经规律。
