小儿健脾丸的禁忌主要包括对成分过敏者禁用、脾胃虚寒者慎用、感冒发热期间不宜使用、特殊体质儿童需遵医嘱以及长期使用需监测不良反应。
小儿健脾丸含有党参、白术等中药材，若儿童曾对其中任一成分出现皮疹、呼吸困难等过敏反应，则绝对禁止使用。过敏体质患儿初次服用前应咨询医师，必要时进行皮肤测试。临床曾报道极少数病例因未发现过敏史导致过敏性休克，需立即停药并就医。
该药主要针对脾虚食积证，若儿童表现为大便溏薄、四肢不温等虚寒症状，可能加重腹泻。此类患儿使用需配伍温中药物，如理中丸等。用药期间应观察排便情况，出现水样便需及时停药。
外感病邪引起的发热咳嗽期间，服用健脾类中药可能闭门留寇，导致病程延长。特别是流感或疱疹性咽峡炎等病毒感染时，应优先治疗原发病。待体温恢复正常3天后再考虑使用。
早产儿、低体重儿或合并先天性心脏病等基础疾病者，其药物代谢能力较弱。必须使用时需在医师指导下调整剂量，通常建议减半服用，并密切监测食欲、体重等指标变化。
连续服用超过2周可能影响电解质平衡，尤其需关注血钾水平。部分儿童可能出现口干、便秘等燥热表现，此时应配伍麦冬、沙参等养阴药材。定期复查肝肾功能，每疗程间隔不少于1周。
用药期间应保持饮食清淡，避免生冷油腻食物。可配合山药、莲子等药膳调理，适当进行捏脊等小儿推拿辅助改善消化功能。若服药3天后症状无改善或出现新发不适，须立即停药并就诊。储存时注意防潮避光，开封后建议1个月内用完。
