流行性乙型脑炎主要通过蚊虫叮咬传播。传播途径主要有库蚊叮咬、伊蚊叮咬、三带喙库蚊叮咬等蚊媒传播方式，少数情况下可通过输血或器官移植传播。
库蚊是流行性乙型脑炎最主要的传播媒介，主要孳生于稻田、池塘等静水环境。病毒在蚊体内繁殖后，通过叮咬将病毒传播给人类。伊蚊多见于城市环境，其活动高峰与人类作息时间重叠，增加了传播风险。三带喙库蚊在热带地区较为活跃，叮咬时病毒载量较高。
猪、鸟类等动物是流行性乙型脑炎病毒的扩增宿主。蚊虫叮咬感染病毒的动物后，病毒在蚊体内增殖，再通过叮咬传播给人类。病毒不会通过人与人直接接触传播，但极少数情况下可通过输血、器官移植或母婴垂直传播。
预防流行性乙型脑炎应重点做好防蚊灭蚊工作。使用蚊帐、驱蚊剂等防蚊措施，清除积水减少蚊虫孳生地。高危地区建议接种乙脑疫苗，特别是儿童和野外作业人员。出现发热、头痛、呕吐等症状时应及时就医。
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