肛塞退烧药如果使用不当或患者体质特殊，可能引起局部刺激、过敏反应或胃肠道不适等副作用。通常来说，在正确使用的前提下，副作用发生率较低且症状轻微。建议严格遵循用药指导，不可自行增减剂量或频次。
肛塞退烧药作为一种经直肠给药的剂型，其优势在于药物吸收较为迅速且稳定，尤其适合吞咽困难或不耐受口服药物的患者。大多数情况下，规范使用时副作用较少且可控。最常见的是局部不良反应，如肛门周围皮肤发红、瘙痒或轻微疼痛，这可能与药物基质成分或反复给药时的物理刺激有关。少数人可能出现腹泻或腹痛，这通常是由于药物直接刺激直肠黏膜或引起肠蠕动改变所致。极个别对药物成分过敏的患者，可能会出现全身性症状，比如皮疹、荨麻疹，甚至更严重的呼吸困难。此外，如果同时使用多种含有相同成分的退烧药物，比如部分复方感冒制剂，就可能导致药物叠加；如果用药间隔过短，比如不足四小时，或是单次剂量超过建议量，也可能增加肝肾损伤的风险。儿童和年老体弱者对药物的代谢能力较弱，对药物反应更敏感，需要更加谨慎，使用前最好是能咨询医务人员。
在使用肛塞退烧药期间，建议多饮温水以促进新陈代谢和协助体温调节。饮食上宜选择清淡易消化的食物，如米粥、烂面条，避免辛辣、油腻或生冷食物以减轻胃肠负担。注意休息，密切监测体温变化，如果副作用较为明显或发烧持续超过三天，应及时就医以明确病因并调整治疗方案。
