清宫寿桃丸与六味地黄丸在药物成分、功效主治、适用人群及现代应用上均有区别。
清宫寿桃丸与六味地黄丸的药物组成不同。清宫寿桃丸主要由驴肾、鹿肾、狗肾、枸杞子、人参、天冬、麦冬、地黄、当归、益智仁、酸枣仁、分心木等药材组成，其组方思路侧重于补肾益精、阴阳双补，尤其强调益肾助阳与益气养阴的结合。六味地黄丸则是由熟地黄、酒萸肉、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻六味药材组成，其组方源自宋代儿科名方，以滋补肾阴为核心，三补三泻，补而不腻。
两种药物的功效主治侧重点不同。清宫寿桃丸主要用于肾虚衰老所致的神疲乏力、头晕耳鸣、健忘、腰膝酸软、夜尿频多等症，现代研究多关注其抗衰老、改善老年肾虚症状的作用。六味地黄丸则主要用于肾阴亏损所致的头晕耳鸣、腰膝酸软、骨蒸潮热、盗汗遗精、消渴等症，是治疗肾阴虚证的基础方，现代广泛应用于慢性肾炎、高血压、糖尿病、更年期综合征等表现为肾阴不足的疾病。
在适用人群上，清宫寿桃丸的适用人群偏向于中老年，特别是出现肾精亏虚、阴阳两虚伴随衰老症状者。六味地黄丸的适用人群更广，凡辨证属于肾阴不足者，无论年龄，均可考虑使用，但尤其多见于成年人。从现代应用角度看，清宫寿桃丸的研究和临床应用更集中于抗衰老及改善老年综合征领域。六味地黄丸的研究则更为广泛，涉及内分泌、免疫、骨骼等多个系统疾病的辅助治疗。
清宫寿桃丸与六味地黄丸均属于补益类中成药，但前者重在补肾填精、抗衰延年，后者专于滋阴补肾、清泻虚火。选择使用时，必须经过中医师的辨证，明确自身是肾精亏虚、阴阳两虚还是单纯的肾阴虚，不可自行混用或替代。日常调理中，肾虚患者应注意规律作息，避免熬夜耗伤阴精，饮食上可适当食用黑芝麻、核桃、山药等平补脾肾的食物，并配合适度的体育锻炼如太极拳、八段锦以固护肾气，但任何药物都应在医生指导下使用。
