复方鱼腥草合剂具有清热解毒、消肿止痛的作用，主要用于治疗外感风热、急性咽喉炎、扁桃体炎等疾病。
1、治疗外感风热
复方鱼腥草合剂中的紫苏叶挥发油可发汗解表，黄芩、大黄清热泻火，对于风热感冒引起的发热恶寒、口渴咽痛等症状有缓解作用。临床常用于鼻塞流黄涕、喉咙充血肿痛的风热证患者。
2、缓解急性咽喉炎
鱼腥草素钠能抑制金黄色葡萄球菌等病原体，连翘苷可减轻咽喉黏膜充血，配伍后对急性咽喉炎出现的咽部灼痛、吞咽困难有效。喉镜检查见咽后壁淋巴滤泡增生者适用。
3、控制扁桃体炎
该药所含活性成分可降低链球菌感染引起的扁桃体化脓性炎症，改善Ⅱ-Ⅲ度肿大的扁桃体充血状态。对伴随高热、颌下淋巴结肿大的化脓性扁桃体炎需联合抗生素治疗。
4、减轻牙龈肿痛
鱼腥草挥发油与黄芩提取物协同作用，能减少牙周致病菌繁殖，缓解牙龈炎导致的出血肿胀。对于因上火诱发的智齿冠周炎疼痛有辅助镇痛效果。
5、辅助治疗腮腺炎
药中抗病毒成分对流行性腮腺炎病毒有一定抑制作用，外敷配合内服可减轻腮腺部位胀痛。但出现高热不退或睾丸肿痛时须及时就医。
使用期间忌食辛辣刺激食物，风寒感冒者禁用。咽喉肿痛持续3天无缓解或出现呼吸困难应立即就诊。本药不宜长期服用，症状消失后应停药，儿童孕妇用药前需咨询医师。日常可配合淡盐水漱口保持口腔卫生，避免过度用嗓，注意休息有助于病情恢复。
