六君子丸和香砂六君子丸在药物组成、功效及主治病症上都是有区别的。
1.药物组成不同：六君子丸是由六君子汤变化剂型而制成的，其主要药物是党参、麸炒白术、茯苓、半夏（制），陈皮、炙甘草，而香砂六君丸是在六君子丸的基础上又增加了木香和砂仁两种药。
2.功效和主治病症不同：六君子丸具有补脾益气、燥湿化痰（以燥湿的药物祛除体内痰邪）的功效，主治脾胃虚弱，食量不多，气虚痰多，腹胀便溏（粪便稀不成形）；而香砂六君丸具有益气健脾（调理脾胃气机），和胃的功效。用于脾虚气滞，消化不良，嗳气（打嗝）食少，脘腹（腹部）胀满，大便溏泄。
因此，六君子丸以补气为主，兼燥湿化痰，而香砂六君丸因加入了木香、砂仁这两种理气药，除了补气、燥湿化痰之外，还可以理气。
六君子丸不适用于脾胃阴虚（脾胃的阴液不足）的患者，孕妇是忌服的；香砂六君丸不适用于急性肠胃炎患者，感冒发热者不宜服用，孕妇也是忌服的。
以上药物均需在中医师的辨证指导下，遵医嘱用药，不建议自行服用，以免产生不良后果。
