HPV病毒没有特效药可以将其彻底清除，目前临床上没有公认的“最好”药物。治疗主要针对病毒引起的病变，如尖锐湿疣或宫颈病变，而非病毒本身。常用的治疗方法包括外用药物、物理治疗和免疫调节剂，具体方案需根据感染类型、病变部位和严重程度由医生制定。
HPV病毒感染后，多数情况下人体免疫系统可在1-2年内自行清除病毒，因此对于没有引起明显病变的潜伏感染或低危型感染，通常不建议使用药物治疗，而是以定期复查和增强免疫力为主。当病毒导致尖锐湿疣时，可遵医嘱使用外用药物，例如鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏或干扰素凝胶。鬼臼毒素酊能破坏疣体组织，适用于体积较小的疣体；咪喹莫特乳膏通过诱导局部免疫反应清除疣体，适合外生殖器及肛周的尖锐湿疣；干扰素凝胶具有抗病毒和免疫调节作用，可辅助治疗。对于宫颈部位的高危型HPV感染，若已引起宫颈上皮内瘤变，则可能需要物理治疗如激光、冷冻或光动力疗法，甚至手术切除病变组织。此外，免疫调节剂如胸腺肽或转移因子口服液，可能有助于增强机体对病毒的清除能力，但效果因人而异。所有药物均需在医生指导下使用，不可自行购买涂抹，尤其是鬼臼毒素酊对正常皮肤有腐蚀性。治疗期间，患者应避免性生活，注意个人卫生，防止交叉感染。
日常护理对HPV感染转阴至关重要。建议保持规律作息，避免熬夜，每周进行至少150分钟中等强度运动如快走或慢跑，有助于提升免疫力。饮食上多摄入富含维生素C的蔬菜水果如西蓝花、橙子，以及优质蛋白如鱼肉、鸡蛋。戒烟限酒，因为吸烟会降低宫颈局部免疫力。女性患者应定期进行宫颈癌筛查，包括TCT和HPV检测，即使感染转阴后也需按医嘱随访。男性患者若出现生殖器疣，治疗期间需使用避孕套，并建议性伴侣一同检查。若发现疣体增大、出血或异常分泌物，需及时复诊。
